Những thành viên chính trong các hoạt động chiến tranh đặc biệt của Hải quân Hoa Kỳ là Biệt kích Hải quân SEAL Hoa Kỳ (United States Navy SEAL) và các Thủy thủ đoàn Tác chiến Chiến tranh Đặc biệt (Special Warfare Combatant-craft Crewmen).

Lực lượng biệt kích hải quân SEAL trong đó từ SEAL là tên viết tắt các môi trường mà họ hoạt động: SEa (biển), Air (không), và Land (đất). Tuy nhiên, điểm nổi bật rõ rệt của họ là các hoạt động ven vùng biển-tấn công từ biển và rồi quay trở về biển.[56] Lực lượng SEAL là nhóm linh động trong các lực lượng chiến tranh đặc biệt của hải quân, được huấn luyện để tiến hành chiến tranh bí mật và nhất là thường hành động trong những toán nhỏ.

Thủy thủ đoàn Tác chiến Chiến tranh Đặc biệt được huấn luyện cho các chiến dịch đặc biệt sử dụng các xuồng và tàu loại nhỏ và thường hành động cùng với các đồng sự biệt kích SEAL của mình. Được tổ chức thành các đội tàu nhỏ, các Thủy thủ đoàn Tác chiến Chiến tranh Đặc biệt có nhiệm vụ chính là đưa các biệt kích SEAL vào lãnh thổ địch và giúp họ rút khỏi nơi đó, tiến hành tuần tra vùng biển, thực hiện các nhiệm vụ thám thính và chặn bắt tàu địch.[57]

Các chiến dịch đặc biệt của hải quân nằm dưới quyền của Bộ tư lệnh Chiến tranh Đặc biệt Hải quân Hoa Kỳ, đây là binh chủng hải quân của Bộ tư lệnh Chiến tranh Đặc biệt Hoa Kỳ. Trực thuộc Bộ tư lệnh Chiến tranh Đặc biệt Hải quân gồm có 7 bộ phận hoạt động: bốn liên đoàn chiến tranh đặc biệt, liên đoàn phát triển chiến tranh đặc biệt, liên đoàn hỗ trợ hành quân và trung tâm chiến tranh đặc biệt.

• Liên đoàn Chiến tranh Đặc biệt Hải quân 1 và Liên đoàn 3 mỗi liên đoàn có bốn đội biệt kích hải quân SEAL và một số đơn vị chiến tranh đặc biệt hải quân. Các đơn vị chiến tranh đặc biệt hải quân có trách nhiệm chỉ huy tổng quát, kiểm soát và hoạch định các chiến dịch đặc biệt trong vùng địa lý trách nhiệm của mình.
• Liên đoàn 3 là gồm các đội khí cụ đưa lực lượng biệt kích hải quân SEAL. Các biệt kích SEAL được gởi đến các đội khí cụ chuyên môn sử dụng các loại khí cụ đưa người bơi lội (swimmer delivery vehicle) hay các hệ thống đưa biệt kích SEAL nâng cao. Các loại khí cụ dưới nước này có thể lặn xuống nước để đưa các biệt kích SEAL ngầm dưới nước vào bờ từ tầm xa.
• Liên đoàn 4 bao gồm các đội tàu xuồng đặc biệt của hải quân.
• Liên đoàn Phát triển Chiến tranh Đặc biệt Hải quân Hoa Kỳ là đơn vị chống khủng bố vùng biển chủ yếu của quân lực Hoa Kỳ. Mặc dù Hải quân Hoa Kỳ xác nhận sự hiện hữu của đơn vị này nhưng họ chỉ nói rằng vai trò của liên đoàn là thử nghiệm, định lượng và phát triển các chiến thuật trên không, trên bộ, trên biển và kỹ thuật cho chiến tranh đặc biệt của Hải quân; không có lời nói chính thức nào nhắc đến nhiệm vụ chống khủng bố của liên đoàn này. Liên đoàn này có khoảng 200 người phục vụ.[58]
• Liên đoàn Hỗ trợ Hành quân là thành phần trừ bị của Bộ tư lệnh Chiến tranh Đặc biệt Hải quân. Liên đoàn cung ứng sự hỗ trợ cho các đơn vị hiện dịch khi cần thiết.[59]
• Trung tâm Chiến tranh Đặc biệt Hải quân nằm ở Coronado, California là trung tâm huấn luyện chính cho các binh sĩ chiến tranh đặc biệt của hải quân trong đó có biệt kích SEAL.